Шаповалов Євгеній Борисович почав наукову діяльність у 2011 у Національному університеті харчових технологій. У 2013 здобув кваліфікацію за напрямком "Екологія, охорона навколишнього середовища та збалансоване природокористування". У 2014 році здобув кваліфіккацію магістра за напрямком "Екологія та охорона навколишнього середовища", а у 2015 кваліфікацію спеціаліста за напрямком "Економіка підприємництва".
У 2020 році отримав наукову ступінь кандидата технічних наук за напрямком "Біотехнологія", захистивши дисертаційну роботу на тему "Удосконалення біотехнології анаеробної ферментації курячого посліду зі зниженою кількістю стоків": (
http://dspace.nuft.edu.ua/jspui/handle/123456789/30574).
З 2013 працює в Національному центрі "Мала академія наук України", де виконував дослідницьку роботу за напрямками створення сучасних онтологічних інструментів та використання інформаційних інструментів в рамках STEM-освіти.
Є активним громадським діячем. Був головою наукової університетської організації "Екоклуб", членом громадської огранізації "Фундація реіогнальних ініціатив", та є членом правління громадської організації "Платформа європейських студій для сталого розвитку".
Був учасником міжнародних проектів Erasmus Jean Monnet "Розширення досліджень Європейського Союзу щодо інтелектуального, стійкого та всеосяжного зростання в українських університетах", "Політика, регулювання та кращі практики зі сталого виробництва та споживання харчових продуктів у Європейському Союзі", "Інструменти, політика та кращі практики щодо захисту довкілля у Європейському Союзі".
З 2020 року працює у Міністерстві цифрової трансформації України та продовжує наукову діяльність в Національному центрі "Мала академія наук України".
Є автором понад 130 наукових праць, понад 10 із яких опубліковано у виданнях, що індексуються наукометричною базою SCOPUS: