Публікації, в яких представлені результати проекту |
078 Дослідження структури гуанінових октетів у водному середовищі методом функціоналу густини |
Автори: | Ільченко М.М., Дубей І.Я. | |
Реферат: | Структури та енергії гуанінових квартетів і октетів у воді розраховано методом DFT (теорія функціоналу густини) з використанням функціоналу M06-2X та базисного набору 6-31G(d, p). Показано, що гуанінові квартети у вакуумі утворюють не лише Хугстинівську чи біфуркаційну, але і змішану систему водневих зв’язків. У воді дві останні форми трансформуються у класичну структуру Хугстинівського типу. Ідентифіковано чотири стабільні конфігурації G-октетів симетрії D4, C4 та S4, утворені парами гуанінових квартетів із Хугстинівською, бфуркаційною чи змішаною системою Н-зв’язків. Найбільш вигідною структурою молекулярної системи G-октету у водному середовищі є S4-симетрична, що складається з пари G-квартетів змішаного Хугстинівсько-біфуркаційного типу. | |
Ключові слова: | DFT, G-октети, G-квартети, гуанін, H-зв’язки | |
Видання: | Int. Rev. Biophys. Chem | | | 2011,
V. 2, N 3. – P. 82-86.,англійська |
078 Дизайн і вивчення інгібіторів теломерази на основі лігандів G-квадруплексів |
Автори: | Негруцька В.В., Дубей Л.В., Ільченко М.М., Дубей І.Я. | |
Реферат: | Підсумовано основні результати наших недавніх досліджень інгібіторів теломерази та лігандів G-квадруплексної ДНК. Синтезовано й вивчено серію потенційних інгібіторів фермента на основі трициклічних гетероароматичних систем (тіазолобензімідазоли, феназини, акридони), аміно-заміщених ціанінів та природних і синтетичних порфіринів і їхніх металокомплексів. Знайдено ряд сполук – ціанінів та особливо похідних і кон’югатів порфіринів, що ефективно інгібують теломеразу in vitro в умовах тесту TRAP в низьких мікромолярних концентраціях. Порфірини в мікро- та наномолярних концентраціях виявили антипроліферативну дію в культурах пухлинних клітин. Спектро-флуоресцентними й електрофоретичними методами досліджено взаємодію лігандів із дуплексною та квадруплексною ДНК, в багатьох випадках визначено тип зв’язування. Для вивчення взаємодії ліганд-мішень за допомогою квантово-хімічних методів запропоновано G-октет як зручну модель G-квадруплекса. Для моделювання зв’язування малих молекул з квадруплексною ДНК Tel22 було застосовано гібридний QM/MM-підхід ONIOM2. | |
Ключові слова: | теломераза, G-квадруплекс, TRAP, протипухлинні засоби, порфірини, молекулярне моделювання | |
Видання: | Biopolym. Cell | | | 2013,
V. 29, N 3. – P. 169-176. ,англійська |
078 Самоасоціація трикатіонного порфірину на неорганічному поліфосфаті |
Автори: | Зозуля В., Рзаноіва О., Волошин І., Ільченко М., Дубей І., Гламазда А., Карачевцев В. | |
Реферат: | Досліджено самоасоціати нової синтетичної трикатіонної похідної порфірину (TMPyP3+) на поліаніонному неорганічному поліфосфаті (ПФ) у водному розчині з використанням різних спектроскопічних методів та обчислень DFT. З даних гасіння флуоресценції зв’язаних молекул TMPyP3+ та їхніх Раманівських спектрів зроблено висновок про утворення порфіриновими хромофорами стійких --стекінгових ансамблів на поліаніонах ПФ. Зміни смуги Соре в спектрі поглинання при різних співвідношеннях концентрацій ПФ/TMPyP3+ свідчать про те, що ці ансамблі становлять суміш J- та H-агрегатів. Молекулярне моделювання показує, що гнучкість ланцюга ПФ дозволяє реалізацію спіральних чи “face-to-face” одновимірних структур, утворених порфіриновими молекулами, розташованими в паралельній чи антипаралельній орієнтації. Особливості структури ПФ дозволяють утворення двох порфіринових стопок на протилежних сторонах полімерних ланцюгів, що приводить до утворення агрегатів вищого порядку. Їхній розмір оцінено на основі даних світлорозсіяння. Обговорено відмінності між агрегатами, утвореними на поліфосфатній матриці порфіринами TMPyP3+ та TMPyP4. | |
Ключові слова: | катіонний мезо-порфірин, агрегація порфірину, поліфосфат, поляризована флуоресценція, світлорозсіяння, поглинання | |
Видання: | Biophys. Chem. | | | 2014,
V. 185. – P. 39-46.,англійська |
078 Нанокон’югати протипухлинних препаратів на основі специфічних лігандів квадруплексної ДНК – інгібіторів теломерази |
Автори: | Дубей Л.В., Костіна В.Г., Негруцька В.В., Ільченко М.М.Кузів Я.Б., Дубей І.Я. | |
Реферат: | Синтезовано серію нових гетероциклічних сполук різних класів. Знайдено похідні порфіринів і акридинів, які in vitro інгібують теломеразу й виявляють антипроліферативну активність в низьких мікромолярних концентраціях. Отримано й досліджено нанокон’югати активних інгібіторів фермента з біосумісними полімерними носіями (декстран, поліяблучна кислота). Показана здатність синтезованих наноматеріалів до поступового вивільнення приєднаних біоактивних сполук. Отримані інгібітори та їхні нанокон’югати в майбутньому зможуть стати кандидатами в лікарські засоби для терапії пухдинних захворювань. Таким чином, у роботі об’єднано два основних сучасних підходи до створення протипухлинних засобів – пошук нових сполук, дія яких спрямована на високоспецифічну біологічну мішень, та розробка систем їхньої доставки до пухлинних клітин. | |
Ключові слова: | квадруплексна ДНК, теломераза, протипухлинні засоби, порфірини, акридини, декстран, поліяблучна кислота, нанокон’югати | |
Видання: | “Нанорозмірні системи і наноматеріали: дослідження в Україні” (п.ред. А.Г Наумовця): НАН України. – Київ, “Академперіодика” | | | 2014,
C. 503-509,російська |
Конференції, семінари, читання, на яких представлені результати проекту |
078 078 078 078 078 078 078 078 078 078 078
|
078 Напрям 5. Нанобіотехнології Мета:Мета проекту полягає у створенні потенційних протипухлинних засобів на основі нанокон’югатів біосумісних полімерів природного й синтетичного походження з низькомолекулярними протипухлинними препаратами нового покоління, які діють шляхом інгібування активності ферменту теломерази за рахунок їх високоспецифічного зв’язування з G-квадруплексними структурами теломерної ДНК Очікувані результати:Випуск нового виду продукції: матеріалів Етап 1:Отримання потенційних лігандів квадруплексної ДНК на основі похідних порфіринів, ціанінів та берберину Етап 2:Отримання нових інгібіторів та вивчення їх взаємодії з G-квадруплексами та впливу на активність теломерази Етап 3:Оптимізація структури препаратів, синтез нових сполук та їх тестування в модельних системах in vitro. Функціоналізація полімерних матриць Етап 4:Функціоналізація й кон’югація отриманих сполук з полімерними носіями та вивчення фізико-хімічних властивостей отриманих наноматеріалів Етап 5:Дослідження біологічної активності отриманих наноматеріалів in vitro у ферментативних та клітинних системах
|