12 червня 2009 р. було підписано Указ Президента Туркменістану «Про створення Академії наук Туркменістану». Тимчасово виконуючим обов’язки президента Академії наук Туркменістану призначено д.т.н. Г.А. Мезилова, який обіймав посаду ректора Туркменського державного педагогічного інституту ім. С.Сейди. Президент Туркменістану підписав також пакет документів про створення у складі Академії наук Туркменістану шести нових науково-дослідних установ і державних служб – Інституту «Гюн», Інституту сейсмології, Державної служби сейсмології, Інституту ботаніки, Фізико-математичного інституту, Інституту археології і етнографії. Прийнято також рішення про закриття Центру фізико-математичних досліджень Туркменського державного університету ім. Махтумкулі та передачу матеріально-технічного оснащення Центру до Фізико-математичного інституту АН Туркменістану. Підвідомчими Академії наук Туркменістану стають також нині діючі Інститут мови і літератури, Національний інститут рукописів, Інститут історії, Інститут лікарських рослин, Інститут хімії.
Президентом Туркменістану підписано також постанову, згідно з якою Академії наук Туркменістану доручено у місячний термін в установленому порядку підготувати і подати до Кабінету Міністрів Туркменістану Статут Академії наук Туркменістану.